在第(🚂)二次(🧠)新吉恩战争、别名“夏亚的叛乱(⛹)”终(🙀)结(🔜)后(⌚),地球圈取得了短(🚲)暂的(🗺)和平。这之(🎩)后3年,宇宙世纪0096年。在工业殖民地“工(📁)业7号”上(🌩)进行了一项秘密交涉(📐)。内容(➡)为--被认为是地球联(😹)邦政府暗中操(💰)控的“比斯特财团”将把最高机密“拉普拉斯之箱”交给新吉恩的残党军“袖付(🖨)”。另一方面,在安纳(🎲)海姆工业专门学校(🏅)就(👨)读的少年巴纳吉·林克斯遇见了(🚟)自称为奥黛丽·本的少女(🎺)(实为(🍊)旧吉(🚻)恩公国次男多兹鲁·扎比(🤳)之女,美耐巴·扎比)奥黛丽为了制(🌈)止新的(🖕)战争爆发,必须(🏺)组(⚫)织(🐗)“拉(🦍)普拉斯之箱”的交(🈳)易。巴纳吉在数次帮助奥黛丽之后(📁),逐渐被她(🤯)所吸引。随后,地球联邦(✝)察觉了这起交易(💥),并进行军事(📪)介(🕚)入,工业殖民(🍷)地随即化(🍠)为一片火海。巴纳吉和同伴一边避难一边(🐞)寻找着奥黛丽,而出现在他面前的是比斯特财团的(🔇)当家卡(💗)迪(🏉)阿斯·比斯特。奄奄一息的卡迪阿斯(🌪)将出(🔁)生的秘密告诉了巴(📐)纳吉,并且将箱之钥匙--“机动战(⛷)士高达(🚝)独(🙏)角兽”托付给他。随后,一场围绕“拉(📭)普(🆓)拉(🐶)斯之箱(💒)”的战争(🥉)开始了……